북경대학 의학부는 1912년 10월 26일에 설립하였으며 중국 교육부에서 자체의 힘으로 설립한 중국 최초의 서양의학 국립학교 이다. 개교 당시 명칭은 <국립북경의학전문학교> 이였다.

북경대학 의학부는 교학, 과학연구, 병원으로 구성되었으며 본과교육, 석박사 교육을 위주로 하고 있다. 기초의학, 구강의학, 약학, 예방의학, 간호학 등 학과가 개설되어 있으며 중국 교육부 <211공정> 및 <985공정> 에 선발된 대학교 이다.